故事旁白从雷克斯·路瑟开始，描述超人所作的英雄事迹及形象。雷克斯描述超人作为一个地球上的神，但坚持说“该来的时候，甚至是神也必须要死”。
露易丝·莲恩和超人正在浪漫的约会，但露意丝对他们的关系安排并不满意。超人坚持认为，两人的关系只能隐密地在孤独堡垒中度过。他还没有向他透露自己真实身份是克拉克·肯特，尽管露意丝已经开始怀疑。
另一方面雷克斯公司挖掘到一艘太空船，当工人正在执行挖掘的工作时不小心将基因改造的凶残怪物末日杀手释放。末日杀手将工人们全数杀害后一步步走到了都市，一路上将鹿、狗、狗的主人全都杀死。横冲直撞的末日杀手到达大都市后随即被超人发现，两人并展开大战。最后超人全力抓着它从高空直落撞击地面，露易丝与同事吉米·奥尔森告诉受重伤的超人已成功打倒敌人，但超人也因受伤过重而断了气。
世界集体哀悼他们倒下的英雄，并在公园建立了超人的纪念碑。后来雷克斯将他的女助理一枪杀死以确保再也没人知道雷克斯公司和末日杀手的出现有关。后来吉米对超人的死相当难过，意外地到了其他大间的报社上班。超人死后，犯罪率增加，玩具人操控著巨大机械蜘蛛并挟持了一辆戴满小孩的校车在屋顶上，露易丝决定将人质救出，便独自前往，但在遇到危机时，超人意外地及时出现制伏了玩具人。露易丝开心地和复活的超人一吻，后来超人的养母玛莎感到质疑为什么他没有打电话回家，露易丝也认为超人有点奇怪。
后来透露其实复活的超人是雷克斯制造的克隆人，雷克斯在超人与末日杀手一战时采集了前者的血液，因此复制超人只听命于雷克斯。后来雷克斯将复制超人引到了一间有红色太阳光的房间，并戴上氪石的手套不断打击他藉以发泄。打完后雷克斯便前去看他私自挖出的超人本尊尸体。但实际上超人还活着，并偷偷地被超人的机器人助手移到孤独堡垒中恢复。
复制超人在看到逃狱后的玩具人杀死了一名4岁的女孩的报导时，性格突然变得灰暗，即刻前去把玩具人杀掉，此作法使得周遭的人感到奇怪，警察也开始追捕他，露易丝认为他不是真的超人。后来露意丝和吉米发现了雷克斯想要复制超人大军的计划，在雷克斯正打算将两人解决时，突然复制超人出面帮助了两人且还将所有的复制超人试管全数破坏，因为复制超人自行将自己体内含铅的氪石拿出使得雷克斯无法控制他。
另一方面真正的超人在机器人助手的帮助下渐渐恢复力量，但后来听到有关军队和复制超人开战的消息便即时前往，但因力量只恢复了六成，机器人给他穿上了黑色的太阳超人装并将氪石枪交给超人。后来超人便和复制超人展开对战，超人的氪石枪被打飞至远处，超人持续处于下风，露易丝将氪石枪捡起并打算射复制超人时被对方破坏了枪，但氪石罐掉了出来。复制超人在石油地打倒超人时将一旁的纪念碑举起打算了结对方，超人用热力射线将黏于复制超人胸口的氪石罐打破冒出了大量的氪气体，复制超人因此败北。临死前，他告诉超人要保护人民。露易丝确定了他是真正的超人并亲吻了他，同时也赢得大家的信赖。
超人在露易丝的公寓，发现她的文章“复活”拼错，并戴上眼镜证明自己就是克拉克，露易丝便高兴地拥抱他。在雷克斯公司，雷克斯先前被复制超人打成重伤，但仍活着叙述历史已经证明，神可以死，但他们还可以回到从死里复活。他对自己微笑、沉思，可能又再想要如何摧毁超人。
很多地方都看得出《花之天下》从《大人帝国》里汲取了不少养分，无论是无数人围观的比拼结尾，还是用力到人物变形的画风，应该都会让不少小新电影粉梦回二十多年前。只是很可惜，由于恰好最近重温过《大人帝国》，我深深知道它好的地方并不只是一场比拼或者一个画风那么简单。
最后的奔跑太燃了！好感动，是青春呀~是目前看过最喜欢的一部小新剧场版。 关于精英教育的反思也很棒，深刻又不说教，整体风格就是有趣又不幼稚，真的很工整了，蜡笔小新系列真的是不能忽视的存在。
青春是无限可能性，为了朋友而努力奋斗的春日部防卫队是最棒的！这就是青春😭
很喜欢这部优秀的作品。
青春这个话题提起来就会觉得幸福又虐，新酱和风间其实一直都是大cp友情版，风间那句小新的心是精英，说出来太让人泪目了。虽然他们的形象一直都是5岁，但他们代表的是这个世界所有值得怀念要去铭记的东西
谜底揭开的时候惊呆了。因为喜欢陆上妹23333所以要发明这个能把人变精英的东东。笑死我了。
风间为了让几个人留在同一所中学（害怕几个人分道扬镳）才被迫接受大人的教育，压抑自己的天性，唤醒他天性和纯真的是他一直爱着的朋友们。后半段热血又感人。
看过的小新剧场版中最内容丰满最结构复杂最用心的一部了，理念和情怀也是满分，爆发了呀
青春就是要享受当下啊，长大后曾经的朋友也许会渐去渐远，但我们都会记得
幼稚的画风和特别理智的情绪：不刻意敌视高材生，不盲目宣扬普通人。看到最后突然很喜欢正男。
自《大人帝国》之后再也没有想过蜡笔能再出一部热血人生题材的电影。
想象是无法超越的！跌倒了也是你自己！动漫怎么会一直这么可爱啊！
学园感觉是最“反小新”的一部剧场版，没有天马行空的背景设定，也没有太多奇观性质的情节，中间一部分反而就像是普普通通的一部校园番那样，有各式各样性格迥异的人物，有一段称奇的校园异闻，有一群人希望解开这个谜底...但这次同样也讲友情，也讲青春，确实又讲出了另一种味道，小新和风间其实谁都没有错，一个想要抓住的是现在的彼此，一个想要抓住未来的彼此，虽然两个人同时碰到了炒面面包，最终官方还是让风间抓住了，是否也是一种隐藏在剧作后的倾向呢？PS：开头风间遇难的倒叙，大喊新之助后切片头，绝对是和哆啦a梦搞联动吧✌️
好，快去吧，新之助，
这不比博人传燃？（没想到蜡笔小新这么有意思，完全不是我小时候记忆中的样子啊，感觉错过一个亿）
精英、青春，爆笑和感动，回到了大人帝国的时候。
还好，春日部防卫队永远五岁。其实不会真正去面对分离的，我的新风。
我还是更喜欢b级美食那一部，蜡笔小新的人物真是越来越ooc了
听幼儿园小朋友一口一个青春fire 还真有被热血到
风间真的太适合这种小反面角色了！
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